Plateforme protéomique Prot’ICO

Prot’ICO : la plateforme de mutualisation en prestation/collaboration protéomique de l’ICO ouverte à l’extérieur

En 2022 L’unité Oncoprotéomique, située au sein de l’Institut de Cancérologie à Angers, s’est équipée d’un ensemble d’appareils d’analyse haute sensibilité et haut débit capable de répondre aux besoins de l’équipe et au-delà. Il a donc été décidé de le mutualiser en mettant en commun le temps disponible d’analyse afin de permettre aux autres équipes académiques ou privées externes d’utiliser les appareillages sous réserve d’examen préalable de l’adéquation entre la demande et les moyens matériels et humains disponibles. La plateforme mutualisée a pris le nom de Prot’ICO et ajuste son organisation pour répondre au plus grand nombre dans le respect de la démarche qualité suivant le référentiel ISO9001. 

 

En illustration : la chaine nano chromatographique couplée au dispositif de spectrométrie de masse en mobilité ionique-Quadrupôle – TOF dédiée aux analyses protéomiques à haut débit.

 

Gouvernance

La plateforme est régie par un comité de pilotage composé des responsables de la plateforme, des responsables direction recherche et direction médicale de la recherche, des représentants qualité et de représentants utilisateurs à l’occasion des réunions stratégiques. Il se réunit 2 à 4 fois l’an selon l’opportunité et les échéances. Le comité de pilotage peut être amené à solliciter son comité de 3 experts scientifiques pour apporter un point de vue extérieur, notamment sur les stratégies scientifiques, les moyens nécessaires aux demandes conséquentes et les investissements technologiques envisagés.

 

Les capacités ou expertises mutualisées

• Expertise pour la prise en charge de projets en protéomique et réalisation de designs expérimentaux
• Identification de protéines à partir d'échantillons complexes (tumeurs congelées ou Fixées « FFPE », lysats de cellules cultivées, sérum ou plasma) et leur quantification relative « Label-Free » (LFQ) : DDA ou DIA-PASEF
• Identification de partenaires de molécules appâts : analyse d'expériences de Co-immunoprécipitation (AP-MS)
• Analyse des interactomes de proximité grâce à la technique BioID/APEX et Caspex (pour identifier spécifiquement les protéines proches du promoteur d'un gène cible)
• Analyse de fractions secrétées (solubles ou exosomales)
• Analyse de phosphopeptides par enrichissements ultrasélectif « Easyphos » 
• Analyse des fichiers bruts sur Spectronaut® et DIA-NN, dépôts en repositories pour publications.
• Analyses statistiques préliminaires de validation et exposé des résultats selon les standards du domaine.

  

Toute demande de collaboration, d’analyse ou de devis doit transiter par l’adresse email labo.proteomique@ico.unicancer.fr. Les demandes très conséquentes pouvant faire l’objet d’investissements lourds, en matériel ou en ressources humaines, doivent au préalable associer la plateforme à la réflexion.

Responsables : Catherine Guette et François Guillonneau